據歷代《山志》記載，普陀山寺院始建于后梁貞明二年（916），在張氏宅基建“不肯去觀音院”。至宋元豐三年（1080），賜額寶陀觀音寺，發展為今普濟禪寺。明萬歷八年（1580），大智禪師創海潮庵，發展為今法雨禪寺。萬歷中，僧圓慧創慧濟庵，發展為今慧濟禪寺。另據宋趙彥衛《云麓漫鈔》記載，南宋時潮音洞一帶建有“觀音巖寺”。

最早在山上建庵的是真歇禪師，南宋紹興元年（1131）在今普濟寺后麓建真歇庵。宋時今鶴鳴庵一帶有僧野鶴結茅焚修。元至元十三年（1276），丞相伯顏命部帥哈剌歹謁潮音洞，見大士靈現，構殿于洞上。到元末，山上有殿宇300余間，毀于明洪武二十年（1387）海禁。天順、正德年間，有僧上山建庵，至成化年間（1465-1487）逐漸復興，又毀于嘉靖間（1522-1566）倭亂。隆慶六年（1572），明所等5僧在山上建蓋殿房，定海（今鎮海）把總陳典帶兵到山，焚庵拘僧，告示“船埠不許裝送進香人民及游方僧道渡海”。萬歷二年（1574），翁州（今舟山市）籍僧真表等登山搭蓋茅房，仍遭禁阻。萬歷五年，內臣明鳳筑朝陽庵于佛頂山一帶，祝發焚修；僧圓獻結庵西天門上。翌年，真表接任寶陀寺住持。萬歷十四年，慈圣李太后頒《藏經》到山，真表進京謝恩，邀請海內名衲到山結庵53處。萬歷二十四年五月，督軍劉元霖再次勒石禁建庵宇，但屢禁不止，據定海把總趙九思《手本》反映，當時山上“祠宇殿堂，僧房靜室，日則滿山棋布，夜則燃火星羅，總計二百有奇”。萬歷二十七年二月，神宗再賜《藏經》。萬歷三十年，遣內官張隨等來山敕建寺院。萬歷三十三年再派內官大規模興建寺院。自此，庵宇靜室，遍布全山，至明末，有名可考的大寺有103庵。

清康熙十年（1671）再次遷僧。康熙二十三年弛海禁，僧眾歸山，舊有庵院，漸次建復。康熙年間共190庵，至道光十二年（1832）廢去16庵，存174庵，新建14庵，共188庵。

至民國十三年（1924），廢去或列為茅篷133庵，其中55庵“舊者新之，隘者擴之”，規制不斷增大。此外，原屬普濟寺東、西寮的大悲殿、錫麟堂等，因住持退居，陸續擴建或自立門戶13庵。加上清末民國初新建19庵，共88庵。民國十六年，又有龍沙、蘆干2庵之建，共90庵。

新中國成立初，部分庵院倒圮或被拆，據1952年定海縣文書檔案資料記載，當時全山存83庵。

1962年5月，據1964年4月《普陀山房屋情況調査報告》，全山房屋149處，其中前山1寺45庵35篷；中山1寺22庵23篷；后山1寺7庵3篷，合計3大寺74庵61篷。同年10月，中山海曙庵遭火焚毀，旋建復平房5間。

“文化大革命”期間，先后有妙峰、朝陽洞、下清涼等10庵被拆。至1978年底，全山只存3大寺64庵，除梅福庵仍有40余名僧尼居住外，其余寺庵均被機關、駐軍和漁農民居住使用。

1979年落實宗教政策。是年3月，海軍讓出普濟寺；10月，陸軍讓出慧濟寺；1980年10月起，駐軍又陸續退出法雨寺、三圣堂、天福庵、廣福庵、洪筏房、梵音洞庵、鶴鳴庵等。其中3大寺、大乘庵、龍壽庵、觀音洞庵、梅福庵等歸還佛協，其余仍由機關單位和企業占用。

1980年起，佛協對已歸還寺院進行逐個整修。1985年，中央辦公廳、國務院辦公廳（1985）59號文件規定，先劃定普濟寺、法雨寺、慧濟寺、大乘庵、觀音洞、梅福庵……等20處寺院的范圍，歸還普陀山佛教協會管理使用；其他幾處需要歸還的寺院，也應盡快列出名單，并與普陀山佛教協會協商，確定歸還期限，逐一落實。

1988年2月，浙江省人民政府辦公廳（1988）21號文件規定：將積善堂、晏坐堂、龍壽庵、鶴鳴庵、伴山庵、報本堂、承恩堂、寶蓮庵、茅草寮移交給佛協使用。佛協對歸還寺庵進行修復、拆造或重建。同時，新建的有不肯去觀音院、善財洞庵、南海觀音大廳、寶陀講寺、萬佛寶塔、洛迦山大覺禪院、圓通禪院、大悲殿，中國佛學院普陀山學院（院內有普陀講寺）等；收歸的尚有多寶塔院，重建的有梵音古洞、慈云、紫竹林、西方、伴山、隱秀、香林、長生、古佛洞等庵。

截至2020年3月，佛協共收歸六十五所寺院庵堂，已修復開放包含（包括新建）四大寺在內四十四所。現佛協正逐步恢復相關舊老庵堂，按寺院功能化定位，夯實普陀山各項基礎建設，莊嚴觀音菩薩道場。

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