隨著佛教信仰的普及，僧尼的增加，對僧眾的管理就顯得非常必要。最初傳入佛教時，是沒有僧官制度的，朝廷只是讓鴻臚寺兼管僧尼。一般認為，后秦姚興最早設立僧官，他敕道□為僧主，僧遷為悅眾(即知事)，協助僧主工作，法欽和慧斌掌管僧錄。但后秦沒有設立完備的僧尼管理機構。南北朝時，南朝沿用后秦的僧官設置，北朝則另有一套。北魏設監福曹，后又改為昭玄寺、崇玄署，配置大統一人，統一人，都維那三人。大統和統，都稱為沙門(大)統或昭玄(大)統。北魏第一個僧官當是法果，道武帝詔令他任道人統，綰攝僧徒，明元帝時依然任他為此職。繼任的道人統是師賢，師賢之后是曇曜，這時改稱沙門統。惠深、僧顯也都任過沙門統。北齊、北周的僧官制度，一如北魏。北齊天保(550-559)年間，設十位沙門統，后來文宣王根據大臣的建議，以法上為大沙門統，“上法師可為大統，余為通統”(《法上傳》，《續高僧傳》卷八)。北周時，曇延任國統。北朝也設維那一職，為沙門統的副職。各州、郡均設州統、州維那，郡統、郡維那。

       南朝的僧官制度，機構設置不如北朝那么正規，南朝最高的僧官是僧正，或稱僧主，又因其身居京城，也稱都邑僧正或京邑大僧正。宋孝武帝時，曇岳、智斌先后為僧正，孝武帝大明(457-464)年間，任道溫為僧正，明帝時，慧亮和曇斌先后為僧正，后又任僧瑾為僧正，僧瑾之后是曇度。蕭齊初年，齊高帝敕道盛任僧正，地方上的僧官，僧慧和慧球先后被任命為荊州僧主，慧基則擔任浙江一帶的僧主，他“掌任十城，蓋東土僧正之始也”(《慧基傳》，《高僧傳》卷八)。看來慧基是浙江地方上的首任僧官了。梁代初年，蕭衍敕慧球為僧正，慧球這是高升了，由荊州僧主一躍而成為全國僧主。天監七年(508)前后，惠超為僧正，后來法云也曾擔任此職。吳郡一帶的僧正，天監八年(509)由僧若擔任。蕭衍還設置白衣僧正一職，由在籍僧人以外的人擔任，他自己都想任此職，后來經過僧人智藏的勸說，他才打消此念。陳文帝時，敕寶瓊為大僧正。

       南北朝的寺院經濟已經成為整個社會經濟的一個重要組成部分，但由于它是相對獨立的，它的發達就常常導致與世俗經濟的矛盾，在歷代對佛教的抨擊中，批評其經濟實力的膨脹常成為重要的內容。寺院經濟的來源，除了各界的施舍，寺院本身有房產、田地等不動產，還有依附民。寺產所出，都是免稅的，寺院依附民也不必再向國家交稅納役。

       南朝的寺院經濟活動中，有一項叫做“質庫”，這在中國經濟史上，是典當業務之源。質庫就是后來的當鋪，專門辦理質押業務，以低于實物價值的押金收取質押物品，過期不贖，如果要在期限內贖回，則須收取極高的利息。《南史》卷七十《甄法崇傳》中已有質庫經營的記載了。

       北朝的寺院經濟中，突出的一點是設立了僧戶和佛祇圖戶。僧正曇曜曾上奏說：“平齊戶及諸民，有能歲輸谷六十斛人僧曹者，即為僧祇戶，粟為僧粟。……又請民凡重罪及官奴，以為佛圖戶，以供諸寺掃灑，歲兼營田輸粟。”(《魏書·釋老志》)

       北魏文成帝同意了他的意見，于是僧祇戶和佛圖戶成為定制，并遍及各地州鎮。僧祇戶是專門為寺院生產糧食的民戶，他們并不是屬于某一寺院的，而是屬于某一地方的佛教僧團。每個僧祇戶必須保證每年能向僧團提供六十斛糧食，稱為僧粟。僧粟也不是交給某一寺院，而要交給地方僧官統一掌握。按設置僧祇戶的原意，也有在災荒時賑濟饑民一項。佛圖戶的地位則要比僧祇戶低，他們由罪犯和官奴組成，分屬各寺院，成為寺奴，除了寺院的日常勞動，他們還要耕種寺田。僧祇戶和佛圖戶都能免除政府的稅收和勞役，實際上把原本屬于各級世俗勢力的一部分利益轉給寺院了。